Město Napajedla leží 188 m n.m., 5 km j. od Otrokovic v údolí řeky Moravy.
V trati pod Hamry u železniční stanice byly nalezeny mamutí stoličky, kly i zlomky dlouhých kostí. V pískovně byl roku 1956 odkryt únětický objekt, snad pozůstatky hrnčířské dílny s velkým množstvím zlomků keramiky a dokonce i s vypálenýma hroudama hlíny s otisky lidských dlaní. Z období kultury lužických popelnicových polí pochází vzácný nález bronzového kopí. V trati Pod dubovou bylo lokalizováno slovanské sídliště.
První písemná zmínka o Napajedlích pochází z roku 1362, roku 1366 se zde připomíná tvrz jmenovaná jako hrad (castrum). Další písemné zprávy o tvrzi máme až z l. 1500 - 1511. Původní osada s tvrzí a kostelem se nalézala na ostrově, který tvořila ramena řeky Moravy. V roku 1995 probíhal záchranný archeologický výzkum v historickém jádru města v trati Na kapli, který odkryl pozůstatky zmiňované tvrze. Nalezená keramika dovoluje datovat vznik hrádku do doby kolem poloviny 14. století a zánik tohoto objektu za polovinu 15. století. Městečko Napajedla a panství patřily k majetku krále (markraběte), ale záhy byl tento majetek dáván zástavou různým šlechticům. Tito se střídali poměrně často v průběhu celého 14. i 15. století Roku 1427 bylo městečko dobyto husity a roku 1469 obsazeno Uhry. Roku 1498 držel zástavou Napajedla a Buchlov Petr Přibík ze Zahrádky, který připojil napajedelské panství k buchlovskému. Král Vladislav II. však roku 1511 udělil na tato panství dědičná vlastnická práva (alod) Arklebu Trnavskému z Boskovic. Dále drželi panství Žerotínové, kteří roku 1542 odprodali část buchlovského panství spolu s hradem. Roku 1581 prodal panství Jan Jetřich ze Žerotína pánům z Vartemberka.
Roku 1611 koupil panství za 118 000 zl. Jan Jakub z Rotalu, čímž se panství dostalo do majetku tohoto rodu na dlouhou dobu. Rotalové utužovali své panství zvyšováním roboty a dalších poddanských povinností. Ve snaze hospodářského růstu panství založili celkem 6 nových vesnic, osazených Valachy (Halenkovice, Jankovice, Košíky, Nová dědina). Rod Rotalů vymřel po meči roku 1762 Františkem Antonínem a panství bylo rozděleno mezi jeho tři dcery v jejihž rodinách se panství dále nalézalo. Koncem 19. století byly opět spojeny všechny bývalé části panství v rukou Aristida Baltazziho, po jehož smrti je zdědila jeho vdova Marie. Od ní koupilo polovinu velkostatku roku 1925 arcibiskupství olomoucké. Další část panství byla v rámci pozemkové reformy parcelována a zestátněna. Zbytek majetku Marie Baltazziové (zámek a 335 ha pozemků) byl prodán roku 1935 v dražbě, kde jej získala firma Baťa za 3 160 000 Kč. Spolu s Baťovým koncernem byl tento majetek znárodněn v prosinci roku 1945.
Zámek je monumentální trojkřídlou stavbou ve stylu Ludvíka XVI. postavenou v l. 1764 - 1769 podle projektu architekta Fr. Ant. Grimma. Zámecký park ve francouzském a anglickém stylu je cenným svou kompozicí i charakterem. V zámeckém parkovém komplexu nalezneme barokní výzdobu jako kašnu , studnu, 4 vázy a sochu Immaculaty s vázou.
Kostel sv. Bartoloměje se sochami sv. Petra a Pavla je mohutnou barokní stavbou z roku 1712 se schodištěm z roku 1754. Sochy v okolí kostela - sv. Cyril, sv. Jan, sv. Václav, sv. Ludmila a Panna Marie pochází z 19. století Mezi další významné architektonické památky Napajedel patří barokní měšťanské domy čp. 65 a čp. 74. Budova radnice je významnou novorenesanční stavbou vybudovanou podle projektu hradišťského architekta Dominika Feye z roku 1905. Na její výzdobě se podíleli přední výtvarníci té doby - Franta Uprka (socha sv. Jiří) a Jano Köhler (keramická výzdoba hodinového ciferníku). Na svahu vrchu Kalvarie se nalézají tři kamenné kříže a tři kapličky, zbytky křížové cesty, kterou nechal postavit Jáchym Rotal roku 1731. Socha Karla Havlíčka Borovského v dnešních Havlíčkových sadech byla postavena ke 100. výročí jeho narození. 1 km jižně od Napajedel se nachází známé rekreační středisko vybudované okolo slepého ramena řeky Moravy zvané Pahrbek.
Lázně v Napajedlích nacházející se na pravém břehu řeky Moravy jsou připomínány již roku 1669. Vyvěrá zde minerální alkalicko-muriaticko-sirovodíkový pramen zvaný Slanica, jehož voda se užívá k léčení nemocí žaludečních a ledvinových. Již v roce 1838 měla budova lázní 19 pokojů, 10 koupelen a vlastního lékaře. Zahájením provozu na druhé koleji železniční trati roku 1872 se pramen ztratil. Snaha o jeho obnovení vedla k úspěchu roku 1903 a k obnovení lázní v režii obce roku 1912. Roku 1920 koupily lázně manželé Kohnovi, kteří zde přistavěli roku 1925 restauraci a byty pro pacienty. Pramen Slanica se nalézá v nejzazší části štoly dlouhé 48 m, ražené v pískovcích. Odtud je voda sváděna samospádem do 3m hluboké jímky. Přepad z této jímky je vyveden pro veřejný odběr ve spodní části budovy lázní. Před budovou lázní je studna o průměru 180 cm, 7 m hluboká do které je sváděna voda ze štoly používaná pro koupele. Lázně jsou v provozu celeoročně.
Napajedla jsou označovány jako výhodné startovací místo na výlety do pohoří Chřiby.